1939 stellte Klauser auf dem Kongress für Klassische Archäologie in Berlin den Plan des zunächst auf drei Bände angelegten »Reallexikons für Antike und Christentum« (RAC) vor. Der positiven Resonanz folgte die rege Mitarbeit eines breiten Kollegiums, sodass bereits 1941 die erste Lieferung erscheinen konnte.

Auch während des Zweiten Weltkriegs wurde die Arbeit am RAC fortgesetzt; 1945 war Band 1 bis auf eine Lieferung abgeschlossen. Der Neuanfang nach Ende des Kriegs gestaltete sich jedoch schwierig: Dölger war 1940 und Lietzmann 1942 verstorben. Kruse, dem die Zulassung zur Habilitation 1934 wegen »politischer Unzuverlässigkeit« nicht erteilt wurde, nahm seine akademische Laufbahn nicht wieder auf. Waszink, dessen Familie während des Kriegs sehr unter den Deutschen gelitten hatte, stand einer Fortführung des RAC als deutscher Unternehmung zurückhaltend gegenüber und Klauser, der nach dem Krieg den Lehrstuhl für Katholoische Kirchengeschichte, Liturgiewissenschaft und Christliche Archäologie von Dölger übernommen hatte, musste beim Wiederaufbau des Wissenschaftsbetriebs innerhalb Deutschlands vielfältige Aufgaben übernehmen. So erschien der erste RAC-Band erst im Jahr 1950.

Dieser erste Band unterschied sich bereits von der Konzeption der 1930er Jahre: Klauser war inzwischen klargeworden, dass wirklicher Fortschritt in der Erforschung von »Antike und Christentum« nur durch Grundlagenforschung im Sinne Dölgers zu erreichen sein würde. Da viele der bereits vorliegenden Manuskripte 1942 bei einem Bombenangriff verloren gegangen waren, nutzte er die Gelegenheit das Unternehmen in größerem Maßstab neu zu strukturieren. Um eine langfristige Erarbeitung gewährleisten zu können, schlug er der damaligen Kultusministerin von Nordrhein-Westfalen, Christine Teusch, vor, ein eigenes Institut als organisatorische Basis zu gründen; rechtlicher Träger sollte ein dazu geschaffener Verein sein. 1955 konnten der Verein und das fortan an der Bonner Universität angegliederte »Franz Joseph Dölger-Institut« ins Leben gerufen werden.

Durch die Berufung eines Herausgebergremiums wurde die wissenschaftliche Verantwortung auf eine breitere Basis gestellt. Neben Klauser gehörtem diesem ersten Gremium der Mitbegründer Waszink, der Kirchenhistoriker Bernhard Kötting (selbst Dölger-Schüler), der Religionswissenschaftler Carsten Colpe und der Gräzist Albrecht Dihle an. Die Herausgabe des RAC, des 1958 gegründeten »Jahrbuchs für Antike und Christentum« und der noch von Dölger und Klauser gegründeten Monographienreihe »Theophaneia« wurden in den Aufgabenbereich der Akademie überführt.